Emily Magee wurde an der Indiana University von der berühmten Sopranistin Margaret Harshaw ausgebildet und gewann mehrere Gesangswettbewerbe. Ihr Debüt als Fiordiligi, als sie 1994 – noch als Mitglied des Lyric Opera Center for American Artists – für eine kranke Kollegin in Mozarts Così fan tutte an der Chicago Lyric Opera einsprang, markierte ihren Durchbruch. 1996 gab sie ihr Europa-Debüt in der gleichen Rolle an der Opéra National de Paris. Emily Magee erregte erstmals internationale Aufmerksamkeit, als sie im selben Jahr ihr Deutschlanddebüt als Elsa in einer Neuproduktion des Lohengrin an der Berliner Staatsoper unter Daniel Barenboim gab. Im Sommer 1997 wurde sie dann zu ihrem Debüt bei den Bayreuther Festspielen als Eva in Die Meistersinger von Nürnberg in einer Produktion von Wolfgang Wagner unter der Leitung von Maestro Barenboim eingeladen.

Ihre Karriere führte sie anschließend an alle führenden Opernhäuser weltweit, darunter die Mailänder Scala, die Metropolitan Opera New York, das Royal Opera House in London, die Wiener Staatsoper, die Bayerische Staatsoper München, die Oper Zürich, die Hamburgischen und Dresdner Staatsopern, die Berliner Opernhäuser, das Liceu in Barcelona und die Pariser Oper.  Emily Magee hat mit renommierten Dirigenten wie Marc Albrecht, Daniel Barenboim, Bruno Bartoletti, Semyon Bychkov, Riccardo Chailly, Christoph von Dohnanyi, Daniele Gatti, Sir Mark Elder, Mariss Jansons, Philipp Jordan, Zubin Mehta, Riccardo Muti, Kent Nagano, Sir Anthony Pappano, Sir Simon Rattle, Donald Runnicles, Jeffrey Tate, Christian Thielemann, Juraj Valcuha und Franz Welser-Möst gearbeitet.

Zu ihren großen Erfolgen gehören die Rolle der Marietta in einer Neuproduktion von Korngolds Die tote Stadt in Zürich, die Wiederaufnahme von Lohengrin an der Hamburgischen Staatsoper und Eva in einer Neuproduktion der Meistersinger in Florenz mit Zubin Mehta. In München sang sie Elisabeth, Eva und Donna Elvira, gefolgt von einer Neuproduktion von Verdis Stiffelio an der Oper Zürich.

Emily Magee ist in zahlreichen Filmproduktionen zu sehen, darunter ihr Debüt als Tosca am Opernhaus Zürich an der Seite von Jonas Kaufmann.  

2008 debütierte Emily Magee als Arabella (Dirigentin: Simone Young) an der Hamburgischen Staatsoper, gefolgt von einer Neuproduktion der Fledermaus (Dirigent: Franz Welser-Möst) in Zürich und ihrem Debüt als Daphne (Dirigentin: Simone Young) an der Hamburgischen Staatsoper. Im Sommer 2008 debütierte sie bei den Salzburger Festspielen in Rusalka (Dirigat: Franz Welser-Möst).

In den letzten Spielzeiten kehrte Emily Magee mit La Fanciulla del West an die Wiener Staatsoper zurück, gefolgt von einer Neuproduktion von Die Frau ohne Schatten (Kaiserin) an der Hamburgischen Staatsoper, an der Semperoper Dresden debütierte sie die Leonora in der Neuproduktion von La forza del destino (Regie Keith Warner), als Eva/Die Meistersinger von Nürnberg kehrte sie auch zu den Bayreuther Festspielen zurück, am Royal Opera House Covent Garden London trat sie als Sieglinde (Rollendebüt) und als Gutrune bei der dortigen Wiederaufnahme des Ring auf, an der Wiener Staatsoper stand die Titelpartie in Arabella auf dem Programm, an der Deutschen Oper Berlin sang sie die Rolle der Ghita in einer Neuproduktion von Zemlinskys Der Zwerg.

Konzert-Highlights der jüngeren Vergangenheit umfassen Salome mit dem Hessischen Rundfunk in der Alten Oper Frankfurt, das Verdi-Requiem an der Oper Kopenhagen sowie Rachmaninovs Die Glocken bei der BBC London unter der Leitung von Maestro Bychkov, Gurre-Lieder mit Mark Elder und dem BBC Philharmonic Orchestra sowie Konzerte von Rienzi/Irene in Budapest (Palast der Künste), Beethovens 9. Sinfonie im Wiener Konzerthaus unter der Leitung von Philippe Jordan, ihr Debüt als Euryanthe bei Konzerten mit den Dresdner Philharmonikern, Mahlers 8. Sinfonie im Wiener Konzerthaus, Zemlinskys Lyrische Symphonie in der Hamburger Laeiszhalle, konzertante Aufführungen der Walküre an der Seoul Opera sowie der Frau ohne Schatten beim Verbier Festival und Gurre-Lieder mit dem Helsinki Philharmonic Orchestra außerdem konzertante Aufführungen von Die Walküre (1. Akt) / Sieglinde mit dem San Francisco Symphony Orchestra unter der Leitung von Simone Young. Im Wiener Musikverein und in St. Pölten sang sie die Sopranpartie in Verdis Requiem.

Zuletzt war Emily Magee als Turandot beim Puccini Festival in Torre del Lago, mit Mahlers Das Klagende Lied in Linz (Markus Poschner), an der Opera Australia in Melbourne als Elsa/Lohengrin, ebenfalls als Elsa und als Gutrune an der Oper Leipzig, als Sieglinde und mit Beethovens 9. Sinfonie an der Dresdner Philharmonie unter der Leitung von Marek Janowski, als Tosca am Gran Teatre del Liceu in Barcelona, sowie als Minnie in La Fanciulla del West mit dem Cleveland Orchestra unter Franz Welser-Möst zu erleben. In der Spielzeit 2023/2024 kehrte sie an die LA Opera zurück (Der Zwerg/Ghita) und sang die Titelpartie in Strauss‘ Ariadne auf Naxos mit dem Budapest Festival Orchester unter der Leitung von Iván Fischer, eine Produktion, die auch in der aktuellen Spielzeit in Budapest und Vicenza aufgeführt wird. Weitere Projekte in 2024/25 umfassen u.a. ihr Rollendebüt als Herodias in Salome am Teatro San Carlo in Neapel, Sieglinde in Die Walküre in Peking und zahlreiche Konzerte wie Strauss Vier Letzte Lieder mit der New World Symphony in Miami oder Beethovens 9. Sinfonie mit dem Gewandhausorchester in Leipzig.